K odběru vzorků zásadně vybírejte živé, nemocné jedince. U ryb dochází velmi rychle k posmrtnému rozkladu, který znemožňuje adekvátní posouzení tkání při histopatologickém vyšetření. Vybraného jedince utraťte přestřihnutím míchy v oblasti těsně za hlavou po předchozím omráčení ryby (viz. zákon na ochranu zvířat proti týrání).
U jedinců do 5 cm je možné vložit do fixační tekutiny celé ryby po rozstřižení dutiny tělní ve střední linii, aby mohl fixační roztok proniknout do dutiny tělní a včas fixovat vnitřní orgány. U větších jedinců je třeba vyjmout orgány z dutiny tělní a vystřihnout několik žaberních oblouků, popřípadě odstřihnout kůži v místě výskytu patologických změn.
Odebranou tkáň umístěte do odběrové nádobky naplněné roztokem formaldehydu (zásobní roztok 35% naředěný v poměru 1:9 vodou). Objem fixační tekutiny musí několikanásobně převyšovat objem zasílaného vzorku (minimálně 1:5). Pokud se jedná o větší masu, je vhodné ji podélně naříznout, aby byla tkáň dostatečně zafixována. Formalín je v lékárnách vydáván je na předpis (veterinárního) lékaře. Lze tedy požádat místního veterinárního lékaře o jeho předepsání.
Vzorky vkládejte do vzorkovnic se širokým hrdlem, aby se daly snadno vyjmout, a s dobře těsnící zátkou. V žádném případě neodebírejte vzorky z uhynulých ryb, budou již postiženy rozkladem a jejich vyšetření nebude možné. Zcela nevhodné k histopatologickému vyšetření jsou vzorky odebrané ze zamražených ryb.